En el año 2009, la FC puso en marcha el Programa de Becas Institucionales como resultado del estudio sobre becas con enfoque de equidad que realizaron para la Fundación el centro REDES (Argentina) y el Centro de Información y Documentación Científica (CINDOC, España).
El propósito del estudio fue establecer las bases conceptuales y metodológicas necesarias para asegurar que el Programa de Formación ofreciese becas con enfoque de equidad, aspirando así a contribuir al fortalecimiento de sectores prioritarios de América Latina y propiciando el retorno de los becarios para contribuir al desarrollo de la región.
El modelo de beca institucional se concibe como una ayuda para la financiación de planes de formación en algunas instituciones latinoamericanas de educación superior. Se trata de conceder becas anuales a docentes de una misma universidad o centro de investigación de América Latina, a fin de que estudien programas de una misma área de conocimiento, impartidos en una única universidad española. De esta manera, la institución latinoamericana genera masa crítica en un ámbito de interés estratégico para su país, contribuyendo a la creación de capital social y, por tanto, cumpliendo así el principio básico de equidad. El procedimiento de puesta en marcha de un proyecto de beca institucional incluye las siguientes fases:
En primer lugar, la FC convoca a los Rectores de las Universidades del país seleccionado a la presentación de este nuevo tipo de becas, emplazándoles a presentar un proyecto en este sentido, de vigencia cuatrienal y con cinco becas por año.
En segundo lugar, la FC constituye un comité de evaluación, cuya finalidad es seleccionar el proyecto ganador, que obtendrá las becas institucionales. A partir de este momento, la FC localiza en la oferta de postgrado española el máster más adecuado al proyecto seleccionado.
En tercer lugar, se acuerda la cofinanciación de las becas entre la Universidad de América Latina, la Universidad española de destino y la FC, detalles que se recogerán en el correspondiente convenio de cooperación. El 80% de la financiación se distribuye entre la universidad española y la Fundación Carolina, reservándose solamente el 20% de la misma a la universidad de América Latina. Una vez definido el proyecto y las condiciones de las becas, se inicia el proceso de presentación y selección de candidatos.
En la convocatoria 2011-2012 se han convocado 30 becas para los siguientes proyectos:
. Área de Biotecnología: Universidad Nacional de Asunción (Paraguay) y Universidad de Córdoba.
. Área de Medicina de Emergencias: Universidad Iberoamericana de República Dominicana y Universidad de Barcelona.
· Área de Desarrollo Institucional: Universidad Privada Boliviana (Bolivia) y Universidad de Sevilla.
· Área de Medio Ambiente: Universidad Nacional Agraria La Molina (Perú) y Universidad Pablo de Olavide (Sevilla).
· Área de Ingeniería: Itaipú Binacional (Paraguay) y Universidad Politécnica de Madrid.